Nascido em um verão comum, num pequeno vilajero de País do Relâmpago, Kaito Hatake é filho único de uma família humilde que morava próxima à um rio. Sua mãe vinha de uma linhagem de pescadores e seu pai era um ninja bastante renomado. Kaito não possui lembranças de seu pai em vida, pois tinha menos de um ano quando esse foi convocado para lutar em uma guerra terrível que marcaria a história e lá morreu. A notícia da morte de seu marido devastou a mãe do garoto, que então se tornou superprotetora de seu filho e, para evitar que ele seguisse o mesmo caminho, escondeu dele quem era seu pai. Para poder sustentar a si e seu filho, a mãe de Kaito abriu uma pequena banca em uma feira para vender os peixes que pescava. Observando sua mãe trabalhar, o jovem Hatake aprendeu rapidamente como pescar e, logo cedo, começou a ajudar sua mãe.

Demonstrando muito potencial desde pequeno, Kaito demonstrava um certo controle sobre seu chakra e afinidade com Suiton desde os 5 anos de idade. Ao descobrir isso, sua mãe rapidamente o reprendeu e ordenou que não usasse dessas habilidades. Acreditando que havia feito algo de errado, ele a obedeceu e começou a evitar demonstrar seu conhecimento sobre técnicas ninjas. Ainda assim, muitos dos moradores conheciam o pai do garoto e colocavam expectativas sobre ele, questionando-o e sua mãe sobre seu desenvolvimento, o que levou ela a deixar Kaito em casa ao em vez de levá-lo consigo quando ia para o vilarejo. Isso só foi mudar quando ele fez 8 anos, quando ele entrou na Academia Ninja de Kumogakure, apesar da posição contrária de sua mãe, que não pôde impedí-lo de entrar na Academia. Mesmo assim, por mais que tivesse bastante facilidade em aprender aquilo que lhe era ensinado, ele evitava demonstrar suas habilidades, conforme sua mãe havia o instruído.

Por conta de não demonstrar um bom desempenho, vários alunos menosprezavam Kaito, e alguns dos moradores do vilarejo, ao saber que o garoto não se mostrava promissor, começaram a questionar se ele era mesmo filho de um ninja tão habilidoso. Esses comentários afetavam o jovem Hatake, por mais que ele não demonstrasse. Aos 11 anos de idade, sua mãe ficou extremamente doente, e ele teve que deixar de comparecer a algumas aulas da Academia para que pudesse trabalhar sozinho, como forma de sustentar os dois. Não era incomum que ele ouvisse pessoas comentando sobre como ele parecia não se importar com os estudos e era uma decepção quando comparado ao pai. Por não ter conhecimento sobre seu pai, ele não entendia o porquê desses comentários, até ir perguntar para sua mãe a respeito. Depois de tentar muito evitar essa conversa, ela cedeu e contou a Kaito a verdade, além de revelar onde estava um tantō que havia sido deixado para ele como herança. Ao descobrir que sua mãe havia mentido para ele, o Hatake se sentiu enganado, triste e bravo por não entender o porquê ela havia feito isso e impedido de que ele seguisse algo que, quando pequeno, havia muito interesse e, como consequência, acabou sendo julgado por muitas pessoas. No fim, ele acabou brigando com sua mãe e fugindo de casa durante uma tarde fria de inverno, deixando sua mãe sozinha enquanto ela pedia para que o garoto a desculpasse. Pouco tempo depois, a situação de sua mãe piorou, mas Kaito só foi voltar bem mais tarde, no meio da noite pela porta de trás de sua casa. Acreditando que sua mãe estava dormindo, o garoto foi para seu quarto e dormiu, só a encontrando morta durante a manhã.

Após enterrar sua mãe, o jovem se sentia confuso, angustiado e com raiva. Ela havia o impedido por muito tempo de seguir seus sonhos, e ele não entendia o porquê. Estava perdido, mas tinha uma certeza: Precisava terminar algo que havia começado. Começou a se dedicar na sua Academia, demonstrando que havia sim aprendido o que lhe havia sido ensinado, e graduando pouco tempo depois. Apesar de ter se tornado um Genin e demonstrar muito potencial, Kaito decidiu sair da Academia para viver uma vida simples vendendo peixes e morando sozinho. Ele passou por várias dificuldades, principalmente durante o inverno, quando a pesca era praticamente impossível e era necessário economizar e racionar o que ele tinha. Anos se passaram, e enquanto vendia peixes, um ninja se aproximou do Hatake. O shinobi disse que ficou sabendo da existência de garoto naquele vilarejo que havia se destacado na Academia, mas que havia deixado de seguir os passos de seu pai, um ninja de grande honra, e perguntou onde poderia encontrá-lo. Kaito respondeu que não conhecia tal garoto e que não poderia ajudá-lo com isso, evitando conversar sobre o assunto, mas suspeitava que o ninja já sabia quem ele era. Após chegar em sua casa, o garoto ouviu passos vindo de fora de sua casa. Suspeito, ele pegou o tantō de seu pai e saiu para confrontar quem estivesse fora. Logo que saiu, foi atacado pelo mesmo ninja que havia lhe interrogado, que logo reconhecera o tantō que o jovem portava consigo. Por mais que Kaito tentasse, o shinobi era muito mais experiente e poderoso, lançando uma série de golpes que forçava o Hatake a se defender, pausando de vez em quando apenas para questioná-lo. O homem misterioso perguntou o porquê de o garoto não querer mais ser um ninja, e ele respondeu que havia perdido o interesse nisso a muito tempo. Ouvindo isso, o ninja disse que havia finalmente entendido e, após executar vários selos de mão, realizou um jutsu de alto nível, algo que Kaito nunca havia visto antes. Percebendo que havia chamado a atenção do jovem, o homem revelou ser um Jōnin de Kumogakure que conhecia o pai de Kaito, e perguntou se esse havia mesmo perdido o interesse em ninjutsu ou se gostaria de se tornar seu aluno. Percebendo que havia muito o que aprender, e que seu interesse por técnicas ninjas não havia se extinguido, o Hatake aceitou a proposta do ninja.

Sobre a tutela do Jōnin, Kaito começou a desenvolver suas habilidades e aprender coisas novas. O homem contou que tipo de homem o pai do garoto era, que defendia que a maior honra que um homem poderia ter era de morrer seguindo seus ideais e protegendo aqueles quem ama, e como ele foi uma inspiração para ele e muitos outros ninjas. Com o passar do tempo, o Hatake foi obtendo respeito pelo seu pai. Mas, mais do que isso, começou a ver em seu tutor a figura paterna que nunca teve, e esse cuidava de Kaito como seu filho. Percebendo que o garoto ainda havia ressentimento em seu coração, o shinobi o ajudou a perdoar e se despedir de sua mãe. Com o tempo, o potencial que o Genin demostrava quando criança começou a se revelar ainda presente, provando que ele ainda podia desenvolver suas habilidades ainda mais. Entretanto, houve um dia em que o então Raikage convocou os ninjas de Kumogakure para enfrentarem um grupo perigoso que ameaçava não só o País do Relâmpago, como todo o mundo. Kaito quis se voluntariar, mas alertando-o sobre os perigos, o Jōnin ordenou que ele ficasse e treinasse em sua ausência. O Hatake obedeceu às ordens de seu mentor e aguardou ansiosamente pelo seu retorno, algo que nunca aconteceu. Quando os ninjas de Kumogakure retornaram, um mensageiro informou o jovem de que seu tutor havia sido ferido gravemente em batalha e, apesar de resgatado, não sobreviveu aos ferimentos, mas que esse havia deixado uma mensagem. Kaito recebeu uma carta, escrita por quem considerava seu pai, dizendo que não seria capaz de voltar vivo, mas que deveria continuar treinando e seguindo seus sonhos, sem desistir jamais. Por mais não tenha derramado uma lágrima sequer, o Hatake nunca esteve tão triste. Ele compareceu ao funeral do Jōnin, e lá prometeu que se tornaria mais forte, para que pudesse proteger os outros e ajudá-los a trilhar seus próprios caminhos.

Hoje, Kaito Hatake se mudou para a Vila Oculta da Nuvem e lá continua a desenvolver suas habilidades, como prometeu ao seu professor, por quem está em luto e se culpa por não ter se dedicado à Academia e ficado mais forte antes, para que pudesse o ajudá-lo e impedir que morresse. Consciente sobre quem era seu pai e tendo perdoado sua mãe, ele tem orgulho de sua origem humilde de trabalhadores e guerreiros esforçados. Agora, ele busca se tornar mais forte para proteger aqueles que não podem se proteger e se tornar um professor, para que possa ajudar aqueles que precisam serem guiados a seguirem seus sonhos e ambições.