Diante da queda de Moira O'Deorain e a morte de Chisaki Overhaul, todos os olhos dos ninjas presentes em Kiri se voltaram para o Capuz Vermelho, que se revelou uma cópia exata do lendário Sarutobi Shion. Graças a Hyuuga Angell, o mercenário foi capturado, levando a prisão junto com Moira. Tudo aquilo favoreceu um entendimento entre as vilas que lutaram entre si em Oto, fazendo com que eles voltassem a neutralidade. Enquanto Iwa e Suna elegem novos Kages, em Konoha, Sarutobi Kaden se prepara para passar o seu cargo para um ninja mais jovem, ao mesmo tempo em que um novo Senhor Feudal assume em Kumo e o Daimyou de Kiri tenta impedir os ataques dos opositores de Jyu. Com a revelação de Chisaki Overhaul sobre a HYDRA, as ações da empresa acabam sofrendo uma grande queda, gerando indícios de uma enorme crise nas grandes nações. Diante do caos, diversos vilarejos pequenos são varridos do mapa quando uma onda de assassinatos em massa se inicia, ao mesmo tempo em que um grupo de fieis ao Jashinismo começa a se erguer, trazendo uma mensagem de esperança para os corações afligidos pelo sofrimento.