Meses se passaram desde a missão de investigação ao Castelo da Lua, no País do Vento, que culminou na Batalha da Lua Minguante. Soramaru, o cientista responsável pelos experimentos, morreu em combate, assim como outros ninjas do lado da aliança. Após a missão ser bem-sucedida, mas carregando tantas mortes, Karma, o líder da missão, ficou responsável por relatar às nações o máximo de informações sobre a organização por trás dos crimes agora que estava com o selo enfraquecido e com isso ele revelou o verdadeiro nome dela: Bōryokudan. Ainda não tendo como fornecer mais detalhes, pois o selo se manteve, e precisando de mais pistas antes de investir novamente em uma missão, Karma saiu em missão em nome das Quatro Nações para encontrar o paradeiro dos demais membros da organização — e sua primeira desconfiança recaiu sobre Kumo.

O mundo, no entanto, mudou nestes últimos meses. Os Filhos das Nuvens concluíram a missão de extermínio aos antigos ninjas da vila e implementaram um novo sistema político em Kumo ao se proclamarem o Shōgun sobre as ordens não de um pai, mas do Tennō; e assim ela se manteve mais fechada do que nunca. Em Konoha a situação ficou complicada após a morte de Chokorabu ao que parece estar levando a vila ao estado de uma guerra civil envolvendo dois clãs como pivôs. Suna tem visto uma movimentação popular contra a atual liderança da vila após o fracasso em trazer a glória prometida ao país. Já em Kiri a troca de Mizukage e a morte de ninjas importantes desestabilizaram a política interna e externa da vila. E em Iwa cada dia mais a Resistência vai se tornando popular entre os civis que estão cansados demais da fraqueza do poderio militar ninja. Quem está se aproveitando destes pequenos caos parece ser as famílias do submundo, cada vez mais presentes e usando o exílio de inúmeros criminosos para Kayabuki como forma de recrutar um exército cada vez maior.

E distante dos olhares mundanos o líder da Bōryokudan, Gyangu-sama, se incomoda com os passos de Karma.