A queda do pastor cobrou um preço altíssimo do mundo ninja: o golpe final trouxe ao mundo um tempo de dor e sofrimento; fome e pobreza retornaram às ruas, a violência triplicou, os antigos heróis caíram ou ficaram desacreditados. Mas, um pouco perto do amanhecer, a Hydra, que até então se mantivera em silêncio, mostrou-se das sombras, trazendo oportunidades de emprego e uma esperança para salvar o mundo dessa mais nova calamidade. Líderes ninja não tiveram escolha senão se arriscarem em tratados suspeitos para conseguir manter firmes seus lares e seus soldados. No entanto, os reais planos da Hydra ainda continuam sendo um grande mistério.

Dois anos se passaram desde o conflito com o fanáticos Jashin, o impacto que esse culto causou ao mundo causou grandes fraturas, as ruas agora viviam da pobreza, fazia um bom tempo em que a seca não atingiu tanto o mundo. Fome e miséria se tornaram algo comum, o sistema ninja regrediu muito, a própria tecnologia começou a se tornar inacessível devido à falta de recursos. Mas algo ficou sem respostas desde os últimos atendados, a HYDRA, desde que foi exposta se manteve calada, até o dia de hoje.